คำตอบคือ การมีธาตุอาหารอยู่ในดิน ไม่ได้หมายความว่าพืชจะสามารถดูดธาตุเหล่านั้นไปใช้ได้ทั้งหมด
1 .ค่า pH ไม่เหมาะ ธาตุมีอยู่แต่พืชนำไปใช้ไม่ได้หากดินเป็นกรดหรือด่างมากเกินไป ธาตุอาหารบางชนิดจะอยู่ในรูปที่พืชดูดใช้ได้ยาก แม้จะมีธาตุอาหารอยู่ในดินแล้วก็ตาม
2. ระบบรากมีปัญหา ต่อให้มีอาหารก็รับเข้าไปไม่ได้ดีดินแน่น น้ำขัง โรคราก หรือรากเสียหาย ล้วนทำให้ประสิทธิภาพการดูดน้ำและธาตุอาหารลดลง จึงเกิดอาการขาดธาตุได้แม้ใส่ปุ๋ยแล้ว
3. ดินแฉะหรือน้ำขัง รากขาดออกซิเจนน้ำมากเกินไปทำให้ออกซิเจนบริเวณรากลดลง รากทำงานได้ไม่เต็มที่ ส่งผลให้พืชดูดธาตุอาหารได้น้อยลง
4. ดินแห้งเกินไป ธาตุอาหารเคลื่อนที่หารากได้น้อยลงเมื่อดินขาดน้ำ ธาตุอาหารจะละลายและเคลื่อนที่เข้าสู่รากได้น้อยลง ทำให้พืชนำธาตุอาหารไปใช้ได้ไม่เต็มประสิทธิภาพ
5. ธาตุอาหารมากเกินไปบางตัว อาจรบกวนการดูดอีกตัวการมีธาตุบางชนิดมากเกินไป อาจรบกวนการดูดธาตุอื่น เช่น โพแทสเซียมสูงมาก อาจลดการดูดแคลเซียมและแมกนีเซียม
6. ใส่ปุ๋ยมากเกินไป จนความเค็มบริเวณรากสูงการสะสมของปุ๋ยมากเกินไปอาจทำให้ค่า EC สูง รากดูดน้ำและธาตุอาหารได้ยากขึ้น และอาจเกิดอาการใบไหม้หรือพืชชะงักการเจริญเติบโต
7. สูตรปุ๋ยไม่ตรงกับสิ่งที่พืชขาดพืชต้องการธาตุอาหารแตกต่างกันในแต่ละช่วง หากธาตุที่ขาดไม่มีอยู่ในสูตรที่ใช้ การเพิ่มปุ๋ยสูตรเดิมก็อาจไม่ช่วยแก้ปัญหา